При биоаугментации («биоулучшение») в загрязненную среду вносят относительно большие количества специализированных микроорганизмов (биопрепаратов), которые были выделены заранее из различных загрязненных источников и/или специально генетически модифицированы. 

Выбранные микроорганизмы предварительно размножаются в ферментерах в условиях, приближенных к условиям загрязненной почвы, и затем вносятся в необходимых объемах в загрязненную среду.